Lietuvos istorijos instituto mokslinės veiklos kryptys:

•  Lietuvos visuomenės ir valstybės raida iki XXI amžiaus pradžios (istorija, istoriografija, pagalbiniai istorijos mokslai ir kita. );
• Lietuvos archeologija, proistorės tyrimai;
• Lietuvos etnologija: kultūrinis, socialinis ir teritorinis tapatumas;
• Lietuvos istorijos šaltinių(Lietuvos Metrikos ir kitų) tyrimas ir skelbimas;
• Lietuvos miestų atsiradimas ir raida (istorija ir archeologija).

Iš Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2009 m. gruodžio 23 d. nutarimo Nr. 1793 „Dėl Lietuvos istorijos instituto įstatų patvirtinimo“.