XIX a. istorijos skyrius įkurtas 1996 metais, reformavus Kultūros istorijos ir Tautinio atgimimo ir Lietuvos Respublikos istorijos skyrius.

Skyriuje šiuo metu vykdomos 2 tyrimų programos:

1. Vilniaus istorija. Tyrimai (2012–2016) (dr. Z. Medišauskienė)
2. Visuomenės struktūros, socialinė sąveika ir jos poveikis valstybės raidai (naujieji laikai) (2012–2016) (habil. dr. T. Bairašauskaitė)