Dabar veikiantiems Lietuvos istorijos, Lietuvių kalbos bei Lietuvių literatūros ir tautosakos institutams pradžią davė Antano Smetonos Lituanistikos institutas, veikęs 1939.03.01–1941.01.16. Viešas Lituanistikos instituto atidarymas įvyko 1939 m. kovo 9 d. Kaune, Valstybės Tarybos salėje. Institutą steigiant buvo numatyta:

1. tirti lietuvių kalbą, lietuvių tautosaką ir Lietuvos praeitį;
2. rinkti, tvarkyti ir skelbti lietuvių kalbos, lietuvių tautosakos ir Lietuvos istorijos medžiagą ir šaltinius;
3. atstovauti lituanistikos mokslams Lietuvoje ir užsienyje.

Institute buvo trys skyriai: lietuvių kalbos (ved. prof. Antanas Salys), Lietuvos istorijos (ved. prof. Ignas Jonynas) ir lietuvių tautosakos (ved. dr. Jonas Balys).
Lietuvos istorijos skyrių sudarė Proistorės, Archeografijos ir Istorijos sekcijos. Buvo sukauptas periodikos fondas, katalogai, šiek tiek rankraščių. Skyriuje dirbo VU istorikai Ignas Jonynas, Zenonas Ivinskis, Adolfas Šapoka ir nesusiję su šia aukštąja mokykla Juozas Stakauskas, Vincas Trumpa, Konstantinas Avižonis, Simas Sužiedėlis. 1939–1940 m. veiklos rezultatai buvo paskelbti naujai pradėto leisti istorijos mokslo žurnalo „Lietuvos praeitis” 1-jame numeryje.

Institutą sovietinė valdžia uždarė ir vietoje jo įkūrė Lietuvos Mokslų Akademiją. Istorijos ir archeologijos (Istorijos) institutas įsteigtas 1941 m. Lietuvos mokslų akademijos Humanitarinių mokslų skyriuje. Pirmuoju direktoriumi 1941 m. balandžio 25 d. patvirtintas Konstantinas Jablonskis. Vokiečių okupacijos metais Institutas neveikė, atkurtas 1945 m. Lietuvos Mokslų Akademijos Prezidiumo nutarimu 1988 m. Lietuvos istorijos institute buvo įsteigtas Pilių istorijos skyrius, kuris 1993 m. pertvarkytas į savarankišką Pilių tyrimo centrą „Lietuvos pilys“. Nuo 1990 m. balandžio 9 d. Lietuvos MA Istorijos institutas vadinamas Lietuvos istorijos institutu. 1991 m. birželio 21 d. Lietuvos istorijos institutas įregistruotas kaip savarankiška valstybinė mokslo įstaiga. 1993 m. gruodžio 17 d. Lietuvos istorijos institutas kartu su kitais Valstybiniais mokslo institutais sudarė mokslo ir studijų Asociaciją su Vytauto Didžiojo universitetu. Lietuvos istorijos institutui ir Vytauto Didžiojo universitetui 1998 m. balandžio 14 d. atnaujinta teisė teikti humanitarinių mokslų srities istorijos (05 H) ir etnologijos (07 H) krypties daktaro mokslo laipsnius. 1998 m. liepos 20 d. Institutui suteikta teisė teikti istorijos krypties habilituoto daktaro mokslo laipsnį. 2011 m. birželio 8 d. Švietimo ir mokslo ministro įsakymu Nr.V-1019 Institutui kartu su partnerinėmis institucijomis suteikta doktorantūros teisė istorijos ir etnologijos mokslo kryptyse.

Lietuvos istorijos instituto direktoriai: 1941 m. balandžio–birželio mėn. – Konstantinas Jablonskis, 1946–1948 m. – Povilas Pakarklis, 1948–1970 m. – Juozas Žiugžda, 1970–1987 m. – Bronius Vaitkevičius, 1987–1992 m. – Vytautas Merkys, 1992–1999 m. – Antanas Tyla, 1999–2000 m. – Edmundas Rimša, 2000–2008 m. – Alvydas Nikžentaitis, nuo 2008 m. – Rimantas Miknys.