Instituto administraciją sudaro direktorius, direktoriaus pavaduotojas mokslo reikalams, direktoriaus pavaduotojas užsienio reikalams, direktoriaus pavaduotojas administracijos ir ūkio reikalams, mokslinis sekretorius, sekretorė-referentė, personalo inspektorė, padalinių (skyrių) vadovai, vyriausiasis buhalteris.

Alvydas Nikžentaitis | Direktorius
(+370 5) 261 44 36

Saulius Grybkauskas | Direktoriaus pavaduotojas mokslo reikalams
(+370 5) 212 01 07

Aurimas Švedas | Direktoriaus pavaduotojas ryšiams su užsieniu ir komunikacija

Kazimieras Vilkevičius | Direktoriaus pavaduotojas administracijos ir ūkio reikalams
(+370 5) 261 07 11

Saulė Urbanavičienė | Mokslinė sekretorė
(+370 5) 262 38 29

Laima Olevsonienė | Sekretorė-referentė, personalo inspektorė
(+370 5) 261 44 36

Jevgenija Vaičiūnienė | Vyriausioji buhalterė
(+370 5) 261 21 66

Mindaugas Maskoliūnas | Leidybos grupės vedėjas
(+370 5) 212 44 38

Ugnė Baronienė | Bibliotekos vedėja
(+370 5)262 68 59

Artūras Dubonis | Archeografijos skyriaus vedėjas
(+370 5) 262 68 48)

Saulius Grybkauskas | XX a. istorijos skyriaus vedėjas
(+370 5) 262 68 43

Laurynas Kurila | Archeologijos skyriaus vedėjas
(+370 5) 261 49 35

Virgilijus Pugačiauskas | XIX a. istorijos skyriaus vedėjas
(+370 5) 262 68 56

Saulius Sarcevičius | Miestų tyrimo skyriaus vedėjas
(+370 5) 261 29 18)

Vida Savoniakaitė | Etnologijos ir antropologijos skyriaus vedėja
(+370 5) 262 94 10

Ramunė Šmigelskytė-Stukienė | Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės istorijos skyriaus vedėja
(+370 5) 261 72 73