Doktorantūra – trečiosios pakopos studijos, doktorantai – trečiosios studijų pakopos studentai ir tyrėjai. Doktorantūros paskirtis – rengti mokslininkus, kurie gebėtų savarankiškai atlikti mokslinius tyrimus ir eksperimentinės plėtros darbus bei spręsti mokslo problemas.
Lietuvos istorijos institutas kartu su partnerinėmis institucijomis vykdo doktorantūros studijas humanitarinių m. srities istorijos ir etnologijos mokslų kryptyse.
2011 m. birželio 8 d. Švietimo ir mokslo ministro įsakymu Nr.V-1019 Lietuvos istorijos institutui Istorijos m. krypties (05H) doktorantūros teisė suteikta kartu su Vilniaus universitetu, Etnologijos m. krypties (07H) – kartu su Vytauto Didžiojo universitetu, Klaipėdos universitetu.
Įstojusiems iki 2011 metų doktorantūros studijos vyksta pagal doktorantūros teisę, suteiktą LRV Vyriausybės 2003 07 15 Nutarimu Nr. 926 ir Lietuvos istorijos instituto doktorantūros reglamentą, 2003 m. kovo 3 d. Lietuvos mokslo tarybos nutarimu Nr.V-38.
Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2003 07 15 nutarimu Nr. 926 Lietuvos istorijos institutui kartu su Vytauto Didžiojo universitetu penkeriems metams suteikta humanitarinių m. srities istorijos (05H) bei etnologijos (07H) krypties doktorantūros teisė. Kartu su Klaipėdos universitetu suteikta humanitarinių m. srities istorijos (05 H) krypties doktorantūros teisė.
Lietuvos Respublikos Vyriausybės 1998 07 20 nutarimu Nr. 900 Lietuvos istorijos institutui penkeriems metams suteikta teisė teikti humanitarinių m. srities istorijos (05H), o kartu su Vytauto Didžiojo universitetu – etnologijos (07 H) habilituoto daktaro mokslo laipsnius.
Lietuvos Respublikos Vyriausybės 1998 04 14 nutarimu Nr. 457 Lietuvos istorijos institutui kartu su Vytauto Didžiojo universitetu penkeriems metams suteikta teisė teikti humanitarinių m. srities istorijos (05H) ir etnologijos (07 H) daktaro mokslo laipsnius.
Lietuvos Respublikos Vyriausybės 1992 10 07 nutarimu Nr. 739 Lietuvos istorijos institutui kartu su Vytauto Didžiojo universitetu suteikta humanitarinių m. srities istorijos (3F) bei etnologijos (3C) krypties doktorantūros teisė.