Lietuvos istorijos instituto Archeologijos skyrius yra didžiausias Lietuvoje archeologinius tyrimus vykdantis mokslo įstaigos padalinys. Jis veikia vadovaudamasis Lietuvos istorijos instituto įstatais – plėtoja fundamentinius ir taikomuosius Lietuvos valstybės, visuomenės ir lietuvių tautos priešistorės tyrimus, kaupia ir sistemina dokumentinį archeologijos paveldą. Skyriuje šiandien dirba 9 mokslo darbuotojai, 1 laborantė ir 1 doktorantė. Skyriaus darbuotojų mokslinis potencialas yra didžiulis ir leidžia tyrinėti Lietuvos priešistorę labai įvairiais aspektais, nuo tarpledynmečių iki Naujųjų laikų. Nuo 2011 m. vasario mėnesio skyriaus vedėjas yra mokslo darbuotojas dr. G. Piličiauskas.

LII archeologijos skyriaus pradžia susijusi su profesionaliosios Lietuvos archeologijos pradininko prof. dr. J. Puzino veikla 1941 m., įkūrus Mokslų Akademijos Istorijos ir archeologijos institutą. Sovietinės okupacijos metais Lietuvos istorijos institutas visuomet buvo vienas svarbiausių archeologijos židinių. Čia buvo kuriamos fundamentalių tyrimų kryptys ir organizuojami patys tyrimai. Archeologijos skyriui vadovavo dr. Pranas Kulikauskas, habil. dr. Adolfas Tautavičius, habil. dr. Vytautas Kazakevičius. Čia daugelį metų dirbo žymūs Lietuvos archeologai: dr. R. Rimantienė, prof. habil. dr. M. Michelbertas, prof. habil. dr. A. Girininkas, habil. dr. R. Volkaitė-Kulikauskienė, V. Daugudis, habil. dr. L. Vaitkunskienė, habil. dr. V. Urbanavičius, dr. O. Kuncienė, dr. E. Grigalavičienė ir kiti. Žymiausias skyriaus archeologų darbas jau nepriklausomoje Lietuvoje buvo Lietuvos istorijos daugiatomio leidinio I ir II tomai, išleisti 2005 ir 2007 metais.

2005 m. pabaigoje penki archeologijos skyriaus mokslo darbuotojai perėjo dirbti į Klaipėdos universiteto Baltijos regiono istorijos ir archeologijos institutą. Lietuvos archeologijai tai turėjo teigiamų pasekmių – pajūryje atsirado naujas tyrimų centras, o Lietuvos istorijos institute susidarė palankios sąlygos archeologijos skyriui keistis, ne tik atnaujinant mokslinio personalo sudėtį, tačiau ir žymiai koreguojant pačią archeologijos mokslo sampratą, metodologiją, tikslus ir kryptis, taip pat mokslinio tiriamojo darbo organizavimą. 2006-2010 m. Mokslo tiriamąjį darbą toliau sėkmingai tęsė senieji darbuotojai (dr. V. Juodagalvis, dr. A. Simniškytė – Strimaitienė, dr. E. Svetikas, doc. dr. I. Vaškevičiūtė), aktyviai ėmėsi veikti naujieji skyriaus mokslininkai: dr. R. Banytė-Rowell, dr. A. Čivilytė, dr. L. Kurila, dr. G. Piličiauskas,doc. dr. V. Šimėnas. 2006-2010 m. skyriui vadovavo doc. dr. V. Šimėnas, o skyriaus darbuotojai sėkmingai dalyvavo ir dalyvauja mokslo reformoje pereinant prie konkursinio mokslinių tyrimų finansavimo modelio. Jų kuriami mokslinių tyrimų projektai ir ataskaitos jau yra ne vieną kartą teigiamai įvertinti Lietuvos valstybinio mokslo ir studijų fondo ir Lietuvos mokslo tarybos rengtose Mokslininkų grupių projektų, Nacionalinės lituanistikos plėtros, Visuotinės dotacijos priemonės konkursinėse programose. Vykdant LMT projektus jau pasiekta reikšmingų rezultatų, tačiau žymiai daugiau tikimasi ateityje, pasibaigus reformai ir mokslo darbuotojams visiškai prisitaikius prie naujosios tvarkos.

Archeologijos skyriaus darbuotojai palaiko glaudžius ryšius su įvairiomis Lietuvos humanitarinių ir gamtos mokslų ir studijų įstaigomis, muziejais, kartu su jų darbuotojais vykdo bendrus tyrimus. Svarbūs ryšiai yra užmegzti su Vokietijos, Suomijos, Lenkijos, Rusijos ir kitų Baltijos regiono šalių labai įvairių sričių specialistais. Tarpdalykiniu ir tarptautiniu bendradarbiavimu siekiama ne tik pritaikyti naujausius mokslo pasiekimus Lietuvos priešistorės tyrimuose, tačiau ir populiarinti Lietuvos archeologiją kaip įdomią ir svarbią Europos ir viso pasaulio archeologijos dalį.

LII Archeologijos skyriaus darbuotojai leidžia mokslo žurnalą Lietuvos archeologija

Archeologijos skyriuje vykdomi mokslinių tyrimų projektai:

• Čivilytė. LMT visuotinė dotacija (VP1-3.1-ŠMM-07-K-01-101). Technologija ir visuomenės raida priešistorėje: bronzos amžiaus metalo dirbinių tyrimas. 2011-2012 m.
• Vadovas G. Piličiauskas. Dalyviai: R. Vengalis, J. Šečkus, M. Žemantauskaitė. LMT mokslininkų grupių projektai (Nr. MIP-11087). Kuršių nerijos priešistorė: kompleksinių tyrimų metodologinis aspektas (SLUOKSNIAI). 2011-2012 m.
• Vadovas R. Banytė-Rowell. Dalyviai: A. Strimaitienė, L. Kurila. Lietuvos istorijos institutas, Kultūros rėmimo fondas (Nr. 291). Knygos „Mykolo Brenšteino archeologinių senienų inventoriaus studija: senieji šaltiniai ir naujos perspektyvos“ parengimas“. Partneris: Valstybinis archeologijos muziejus Varšuvoje. 2011-2013 m.

Archeologijos skyriuje įvykdyti mokslinių tyrimų projektai:

• G. Piličiauskas. LMT mokslininkų grupių projektai (MIP-10021). Neolito ir bronzos amžiaus chronologija keramikos AMS datavimo duomenimis. 2010 m.
• Vadovas V. Šimėnas. Dalyviai: I. Vaškevičiūtė, A. Strimaitienė, L. Kurila, V. Juodagalvis, R. Banytė-Rowell. LVMSF/LMT Lietuvos mokslinių tyrimų ir eksperimentinės plėtros kryptis „Tautinio identiteto išsaugojimas globalizacijos sąlygomis“. Kultūrinio kraštovaizdžio raida archeologijos ir gamtos mokslų duomenimis (ARCHEOKRAŠTOVAIZDIS). Partneriai: Vilniaus universitetas, Valstybinis Kernavės kultūrinis rezervatas. 2008-2010 m.
• E. Svetikas. LMT Nacionalinė lituanistikos plėtra (LIT-10045). Žalgirio epochos lietuvių ir žemaičių karių kapai ir ginklai. 2010 m.
• G. Piličiauskas. LVMSF mokslininkų grupių projektai (T-09168). Pleistoceno ežerų rekonstrukcija ir Ankstyvojo žmogaus veiklos pėdsakų paieškos pietryčių Lietuvoje). 2009 m.
• Vadovas V. Kazakevičius. Dalyviai: A. Strimaitienė. LVSMF. Ankstyvosios gyventojų veiklos krizės: gamtinių sąlygų ar socialinių santykių kaitos pasekmė. 2002 m.
• Vadovas A. Girininkas. Dalyviai: D. Brazaitis. LVSMF. Akmens amžiaus polinių gyvenviečių kompleksinė analizė. Partneriai: Vytauto didžiojo universitetas. 2001–2004 m.
• V. Juodagalvis, T. Ostrauskas. LVMSF. Žmogaus ir gamtos santykiai nuo seniausių laikų iki Kristaus (X-I tūkstm. pr. Kr.) Lietuvoje. Partneriai: Geologijos institutas. 1998-2001 m.
• V. Juodagalvis, T. Ostrauskas. LVMSF. Akmens amžius Pietų Lietuvoje. Partneriai: Geologijos institutas, Vilniaus universitetas. 1994-1997 m.

Archeologijos skyriuje įvykdytos mokslo programos:

• Vadovas V. Šimėnas. Lietuva Europoje: kultūrinės sąveikos archeologiniais duomenimis. 2007-2011 m.
• Vadovas V. Juodagalvis. Akmens ir žalvario amžiai Lietuvoje. 1999-2008 m.
• Vadovas G. Zabiela. Centras – periferija. Kultūrinių įtakų kryptys. 2002-2006 m.